A Universidade Federal do Pará foi criada pela Lei nº 3.191, de 2 de julho de 1957, reunindo diferentes unidades de ensino superior existentes no Estado. No processo de reorganização acadêmica e administrativa da Universidade, foi criado, em 1967, o Centro de Ciências Exatas e Naturais (CCEN), juntamente com outras unidades didático-científico-administrativas, a partir da Reforma Universitária autorizada pelo Decreto-Lei nº 252/1967.
Ao longo das décadas seguintes, o Centro passou por mudanças em sua composição e organização. Em 1984, com o desmembramento do Departamento de Geologia, que passou a integrar o então Centro de Geociências, o CCEN passou a reunir os departamentos de Matemática, Física, Química, Estatística e Informática, além dos colegiados dos respectivos cursos.
Em 2000, o curso de Química Industrial foi transferido do Centro Tecnológico para o CCEN. No mesmo período, a UFPA passou a ofertar o curso de Licenciatura em Ciências Naturais, inicialmente voltado para municípios do interior do Pará.
Uma nova etapa teve início em 2007, com a aprovação do Regimento do Instituto de Ciências Exatas e Naturais pelo Conselho Superior de Ensino e Pesquisa (Consepe), por meio da Resolução nº 1.661, de 15 de março de 2007. A reorganização extinguiu a estrutura departamental então existente e instituiu uma nova organização acadêmico-administrativa, formada por Faculdades e Programas de Pós-Graduação. A partir dessa reestruturação, o Centro de Ciências Exatas e Naturais passou a denominar-se Instituto de Ciências Exatas e Naturais (Icen).
| PERÍODO DA GESTÃO | REITOR | NOME DOS/DAS DIRIGENTES | PERÍODO DA GESTÃO |
| 1969-1973 | Aloysio da Costa Chaves | Renato Pinheiro Condurú Luciano Santos de Oliveira | 1969-1973 |
| 1973-1977 | Clóvis Cunha da Gama Malcher | Artemidoro Cabral de Melo Theódulo de Castro Santos | 1973-1977 |
| 1977-1981 | Aracy Amazonas Barreto | Gerson Lopes Raposo Manoel José Corrêa Neto | 1977-1981 |
| 1981-1985 | Daniel Queima Coelho de Souza | Paulo Roberto O. Souza Erivan Souza Cruz | 1981-1985 |
| 1985-1989 | José Seixas Lourenço | Tadeu Oliver Golçalves Maria Naidir Gomes de Almeida V. Gouveia | 1985-1989 |
| 1989-1993 | Nilson Pinto de Oliveira | Maria Naidir Gomes de Almeida V. Gouveia Renato Borges Guerra | 1989-1993 |
| 1993-1997 | Marcos Ximenes Pontes | Renato Borges Guerra Francisco Pereira Assunção | 1993-1997 |
| 1997-2001 | Cristovam Wanderley Picanço Diniz | Francisco Pereira Assunção João Furtado de Souza | 1997-2002 |
| 2001-2009 | Alex Bolonha Fiúza de Mello | Francisco Pereira Assunção Márcio Lima do Nascimento | 2002-2006 |
| 2001-2009 | Alex Bolonha Fiúza de Mello | Geraldo Narciso da Rocha Filho Petrus Agripino de Alcântara Júnior | 2006-2010 |
| 2009-2016 | Carlos Edilson de Almeida Maneschy | Mauro de Lima Santos José Ciriaco Pinheiro | 2010-2014 |
| 2016-2024 | Emmanuel Zagury Tourinho | Fátima de Nazaré B. Magno Lourivaldo da Silva Santos | 2014-2018 |
| 2016-2024 | Emmanuel Zagury Tourinho | Marcos Monteiro Diniz José Roberto Zamian | 2018-2025 |
| 2024 – atualmente | Gilmar Pereira da Silva | José Roberto Zamian Marcelle Pereira Mota | 2025 – atualmente |